Illustre  penseur de la pédagogie, il fait ses études au lycée de Dijon.

 Il s'y montre un étudiant travailleur et intelligent, mais peu disposé à accepter ce qui ne lui parait pas évident et ne repose que sur l’autorité de la parole du maître, laquelle a pour lui simple valeur d’opinion.
Esprit indépendant, perspicace, épris de discerner le vrai au milieu de tout ce qui a la prétention de l’être, d'une rare puissance intellectuelle, à dix neuf ans, il est docteur ès lettres et professeur d’humanités.

     Ses anciens maîtres devenus ses collègues, frappés de la fermeté et de la droiture de son caractère, lui confient leurs intérêts. Afin de justifier la confiance dont on l’honore, il étudie le droit et devient avocat et docteur en droit. Puis il entreprend des études mathématiques approfondies que couronne  un troisième diplôme de docteur.

    Le professeur est doublé d'un patriote pour lequel la liberté relève aussi bien de l’émancipation politique que de l’émancipation intellectuelle. En 1788, il organise la fédération de la jeunesse Dijonnaise avec celle de Bretagne et d’autres provinces, pour la défense des principes  Révolutionnaires.

    Le triomphe de ces principes étant acquis, les fédérations doivent se transformer en bataillons pour la défense de la patrie.
    Joseph JACOTOT est alors élu capitaine d’une compagnie d’artillerie du bataillon de la Côte d’Or; il instruit ses camarades avec un succès qui fait l’admiration des officiers spéciaux les plus expérimentés. Sa compagnie  demande, en 1792, à aller combattre les ennemis; le ministre de la guerre l’envoie en renfort à l’armée du nord. Elle prend  part à la courte campagne de Belgique, assiste au siège de Maëstricht, à plusieurs autres faits d’armes où Joseph JACOTOT paie de sa personne et se montre aussi prudent que brave.

    En 1795, il devient professeur à l'école centrale de Dijon où il enseigne successivement le latin, les mathématiques et le droit. Il devient sous l'Empire, secrétaire du ministre de la guerre, puis sous-directeur de l'École Polytechnique; Pendant les Cent-Jours,  élu malgré lui à la Chambre des représentants il s'y montra hostile à la royauté.

    Il quitte la France lors de la Seconde Restauration et se retire en Belgique, le pays d'origine de sa femme. Il commence par y donner des leçons particulières pour remplacer les ressources dont l’expatriation l’avait dépouillé. Le roi des Pays-Bas le nomme bientôt lecteur de langue française à l’Université de Louvain, puis directeur de l'École militaire.

    Pendant 22 ans, Joseph JACOTOT va se trouver au coeur d’un mouvement pédagogique considérable qui suscitera engouements et polémiques , avant d'être injustement oublié .
En effet, c'est dans cette université catholique de Louvain qu'il va se découvrir lui-même maître ignorant. Ses élèves ne connaissaient pas un mot de français, et lui ne parlait pas le flamand ni le hollandais. Par la force des choses, il leur propose alors d'apprendre le français au décours d'une version bilingue du Télémaque de Fénelon, mémorisant sans se lasser les phrases en français et les comparant à la traduction hollandaise. A sa grande surprise, les progrès sont incroyables. Cette expérience est la matrice de la pensée de JACOTOT, qui rompt avec les  modèles du maître explicateur.

    Sa méthode d'« Enseignement universel »  se propose alors d'« émanciper les intelligences », postulant que toutes les intelligences sont égales, que tout homme, tout enfant, est en état de s'instruire seul et sans maître, qu'il suffit pour cela d'apprendre une chose et d'y rapporter tout le reste; que le rôle du maître doit se borner à diriger ou à soutenir l'attention de l'élève.

    Homme d'une immense générosité, on venait lui demander des conseils de toutes parts; il cherchait surtout à convaincre les pauvres qu’eux et leurs enfants pouvaient, sans aucun frais et sans aide extérieure, apprendre tout ce qu’ils voudraient étudier. Il poursuivit sans cesse de ses foudres  l’abus de l’influence de l’homme sur l’homme, de celui qui se croit savant sur celui qui se croit ignorant.

    Il ne rentrera en France qu'en 1830, pendant quelques années à Valenciennes, puis à Paris en 1838.  Ses fils continueront quelques temps d'éditer ses oeuvres et des fragments épars  à titre posthume au Journal de l'émancipation intellectuelle destiné aux pères de famille.
Il repose au cimetière du Père Lachaise à Paris.
Sur sa tombe cette phrase :

Ses oeuvres principales sont: